Музејот на современата уметност во своите меѓународни и национални збирки поседува близу шест илјади дела во сите уметнички медиуми. Меѓународната збирка се состои од подарени дела од речиси сите делови на светот и по тоа е еден од ретките музеи во светот од овој вид. Најголемиот дел од збирката ја одбележува модерната и современата уметност настаната по Втората Светска војна. Националната збирка на Музејот овозможува следење на развојот на ликовна уметност во Македонија, почнувајќи од појавата на генерацијата уметници меѓу двете војни, родоначалниците на македонската модерна, па се до современите уметнички практики.